Bei seinen Arbeiten auf der Ulmer Alb vergab Ferdinand Thrän gerne Aufträge an den Maler-Restaurator Friedrich Dirr (1841–1884). Dirr hatte ursprünglich mit einer Steinmetzlehre in der Münsterbauhütte begonnen, bevor sein zeichnerisches Talent von Thrän entdeckt und gefördert wurde. Dirr war auch als Maler tätig, und Gemälde von ihm sind beispielsweise in der Ulrichskirche in Neenstetten oder der Marienkirche in Lonsee erhalten, alles im Auftrag von Thrän.
In Luizhausen erhielt Dirr 1864 den Auftrag, ein neues Altarblatt zu malen mit einer Abendmahlsszene. Auch zwei der Miniaturen wurden übermalt. Die ursprünglichen Bilder von Kleemann gingen dabei verloren.

Die nächste größere Erneuerung des Innenraums erfolgte 1965. Die drei Emporen, die alte Orgel, die alte Kanzel und die alten Kirchenbänke wurden entfernt. Ebenso blieben die Deckengemälde und die Dekorationsmalerei von 1924 nicht erhalten. Die alte Link-Orgel wurde abgebaut und durch eine von Walcker aus Ludwigsburg mit sieben Registern und mechanischen Schleifladen ersetzt.

Durch den Ulmer Maler Adolf Schwenk wurden die ursprünglichen Gemälde von Kleemann wieder freigelegt. Ein Teil der Ölgemälde kam an die verbliebene Westempore, die anderen wurden frei an den Wänden aufgehängt. Die Kreuzigungsszene von Kleemann wurde als neues Altarblatt verwendet und zwar so, dass das Gemälde von Dirr dabei
nicht verloren ging. Beide Gemälde sind auf der Rückseite des Retabels montiert. Somit kann durch ein einfaches Wenden der Rückseite das jeweils andere Altarblatt gezeigt werden, auch wenn seit 1965 normalerweise nur die Kreuzigungsszene von Kleemann zu sehen ist.